莫高窟规模宏大、洞窟众多，但每个洞窟的空间极其有限，其中85%以上洞窟的面积都小于 25 平方米，窟内的彩塑和壁画都是使用泥土、木材、麦草等脆弱的材料制成。由于自然因素作用和人为破坏，莫高窟的彩塑和壁画产生了多种病害并在缓慢地退化。樊锦诗说，我们采取各种保护措施，是为了使莫高窟减少病害，延缓衰退，延年益寿。如果每日游客持续不断地大量进入洞窟，二氧化碳长时间滞留窟内，窟内空气湿度增高，温度上升，都会侵蚀壁画，危害到十分脆弱的彩塑。

      拥有莫高窟“最美”佛龛的 45 号窟，是保存最为完好的唐代洞窟。

      在利用数字图像和虚拟技术开发的莫高窟三维全景系统中，游人既可以欣赏莫高窟石窟外景、洞窟建筑结构，又能跟随电子向导进入洞窟内部，身临其境地欣赏精美的壁画和彩塑，同时通过演示厅的多媒体节目展播，可以更详细地了解敦煌的历史和文化。如今，敦煌研究院已经完成 43 个洞窟的数字保存，计划到 2015 年可完成 147 个洞窟的数字化保存工作。

      敦煌目前已有一个专门的官方数字化网站叫数字敦煌了，并没有覆盖所有洞窟，但是非常高清，且支持VR模式，还有专业介绍，速度飞快，基本是目前国内这块的标杆之作了。